[BA202500076]小鼠10x单细胞转录测序

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采购信息 项目编号 BA********* 项目名称 小鼠**x单细胞转录测序 经办人单位 第一医院（白求恩第一临床医学院） 经办人 丁小博 预算金额 ******.** 人民币 成交金额 ******.** 人民币 成交供应商 **基迪奥科技服务有限公司 联系地址 **省-***-***智港大街**号思科智慧城A*座*楼 采购单位 ****第一医院（白求恩第一临床医学院） 付款方式 服务完毕验收合格后***%付款。 供应商联系手机 *********** 服务时间 ****年**月**日 至 ****年**月**日 服务地址 **省-***-***智港大街**号思科智慧城A*座*楼 验收方式 以成交单为准，参考相关内容进行验收。验收程序以甲方职能部门规定为准。 售后服务要求 单细胞项目可以微信建群，包含所有的个性化，直到文章发表，根据你后续数据的实际需要，私人定制化的个性分析，直至文章发表，免费做补充分析及个性化； *.乙方应保证项目如期完成，如因乙方过错导致项目迟延或终止时，乙方应及时与甲方沟通，协商处理方式。如因乙方过错提供的项目成果不符合双方约定时，乙方应重新提供。 *.乙方应履行以下保密义务： *）保密内容（包括技术信息和经营信息)：原始资料、技术路线、试验报告及与试验有关的资料结果及价格等。 *）涉密人员范围：参与项目所有人员。 *）保密期限：自合同生效日起*年。 *）泄密责任：一切责任由泄密方承担。 *.为方便甲方测序数据的使用，乙方承诺在最终数据提供后，继续保留数据 *个月，超过*个月，乙方不承担保存数据的义务； *.乙方应当保证其交付给甲方的研究开发成果不侵犯任何第三人的合法权益。 *.乙方不得在向甲方交付研究开发成果之前，自行将研究开发成果转让给第三人。 采购材料 明细清单 采购品目 临床医学研究服务 名称 小鼠**x单细胞转录测序 单位 项 数量 ** 单价 ¥**,***.** 总价 ¥***,***.** 范围/服务内容及要求 *、*、服务内容 *.*合同目标及技术内容 完成 ** 个（小鼠)（拉丁名)细胞样品**X genomics单细胞转录组_____*'___（*'-V*/*')测序，每批次上机 * 个样品，每个样本产生_***__G数据，并完成相应的信息分析。 *.*技术路线 乙方对甲方提供的 ** 个细胞悬液样品进行检测，样品检测合格后采取以下技术路线进行**X genomics单细胞转录组测序：**X genomics单细胞转录组样品制备――上机测序――生物信息学分析。 *.*生物信息学分析内容  标准信息分析 （需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果) *.测序数据质控和表达量定量 *) 测序数据基本质控 *) 数据定量 *) 最终鉴定细胞表达量矩阵 *.细胞过滤 *) 过滤前后各样本/分组细胞数据量统计 *) 过滤前后各样本/分组细胞基本信息统计 *.单细胞亚群分类 *) 非正常细胞的进一步过滤（分别对多胞和低质量细胞进行过滤） *) 细胞亚群分类结果统计 *) 各样本/分组在各细胞亚群细胞数量统计 *) 基因在各个细胞亚群表达量均值统计 *）各亚群相关性分析 *) 细胞与亚群对照表绘制 *) 分类结果可视化 *) 基于已知标记基因的分类效果评估 *) 单细胞亚群鉴定 *.亚群上调表达基因分析 *) 上调表达基因筛选 *) 上调基因表达分布 *) 上调表达基因GO富集分析 *) 上调表达基因KEGG富集分析 *) 上调表达基因DO富集分析（物种限制：人） *) 上调表达基因Reactome富集分析（部分物种） *) 上调基因蛋白质互作网络分析 *.GSVA分析 *.转录因子注释（物种必须具备参考基因组和motif序列信息） *.膜蛋白注释（物种必须具备蛋白序列库）  定制化信息分析（请选择需要分析内容) *.已知表达基因（分子marker或表面标记物)在各亚群表达分布图 *.样本间差异基因分析 *) 差异基因统计 *) 差异基因分布分析 *) 差异基因GO富集分析 *) 差异基因KEGG富集分析 *) 差异基因DO富集分析（物种限制：人） *) 差异基因Reactome富集分析（部分物种） *.细胞通讯分析 *) CellphoneDB分析结果（物种限制：人、大鼠、小鼠和植物） 细胞互作分析 配受体对分析 基因集水平的细胞互作（物种限制：人、小鼠） 基因集水平的配受体对（物种限制：人、小鼠） 组间差异分析 *) CellChat分析结果（物种限制：人、小鼠、斑马鱼） 细胞互作分析 配受体对分析 信号通路水平的细胞通讯 通路相关配受体对分析 组间差异分析 *.转录因子分析（物种必须具备参考基因组和motif序列信息） *) Motif富集结果 *) Regulons鉴定、活性分析、分布特征 *) Regulons差异分析、亚群上调Regulons分布 *) 转录因子-靶基因网络互作分析 *.细胞周期分析 *) 细胞周期评估 *) 细胞周期推断 *) 细胞周期上调基因统计 *) 细胞周期上调基因富集分析 *.单细胞CNV分析（限肿瘤） *) 肿瘤细胞和正常细胞的预测（分别运行inferCNV、copyKAT、can软件） *) CNV变异阈值判断 *) 单细胞CNV关联统计 *) CNV分布图 *.RNA速率分析（指定比对的参考基因组） *) 数据统计 *) 动态模型 *) 随机模型 *.WGCNA分析 *.多软件拟时整合分析 *) Monocle* *) Monocle* *) PAGA *) Slingshot *) CytoTRACE **.单细胞微生物互作分析（需另外收费） *) 微生物reads统计 *) 微生物单细胞关联分析 *) 微生物单细胞差异分析 *、各方工作内容及进度安排 *.*甲方 *.工作内容：提供合格的细胞样品（建议细胞活性在**%以上)，样品要求详见《基迪奥送样手册》。若寄送冰冻样本，则详细填写在线送样单。在数据建库完成时，填写《样品关系单》。因样品送样单、样品关系单填写不完整或不及时发送造成的检测错误、项目延期等后果，均由甲方承担。 *.工作进度及时间安排：本合同签订后*个工作日内，甲方以书面、电子邮件或其他形式提供上述技术资料。 *.* 乙方 *.乙方在完成标记后，对cDNA样品进行检测。 *.项目周期以样品检测合格，且首付款到位后开始计算。乙方需在项目周期内（五一、十一等国家法定节假日不计入）完成全部测序及测序数据的处理工作并向甲方提供简化版项目完成报告；在收到甲方项目尾款后，向甲方提供所有原始测序数据、完整的项目分析结果和完成报告。 *.若在测序或数据处理中遇到技术障碍，乙方应与甲方及时沟通，双方沟通时间应从本条第二点中的工作日中扣除。 *.若因样品送样单、样品关系单等需要甲方提供的信息不及时发送或信息有误所造成的耽误时间，应从上述第二点中的工作日中扣除。 *.关于上门标记实验服务，**、**、***内免费，**、**、**、**、**省内**** 元/次，其他区域****元/次，乙方将按双方约定时间准时到达指定地点提供上机标记实验服务。自到达时起，服务周期为**小时，如因甲方原因导致乙方**服务周期或等待周期，乙方将按****元/**小时加收误工费。另外，因有较高成本和固定消耗，如甲方每次只有*个样品，加收****元/次，*个样品及以上不加收费用。对于检测不合格的样品，如需保存，甲方应在收到样品检测报告后*天内与乙方联系，并发送《返样单》。如甲方逾期未与乙方联系或返样单不到位，该不合格逾期样品会在样品检测报告发出后的*天后进行销毁。对于完成测序分析，剩余样本需要返还的项目，甲方需要在收到项目完整版结题报告*个月内提出，发送《返样单》，同时支付返样所需的干冰及快递费用。甲方逾期未与乙方联系或返样单不到位，样本将进行销毁。若甲方需要乙方保存样品，样本保存收费为*元／管／天，费用从收到完整版结题报告后开始起算。对于不符合乙方建库要求，属于风险建库的样品，甲方坚持要求进行测序工作，所有费用由甲方承担，乙方不对测序结果承担责任；如失败后续甲方再次送样，需重新支付相关费用。 *.乙方在向甲方提供项目结果和报告后，原始测序数据保留数据的时间为三个月。 *.数据交付后，乙方将基于本项目数据的同一套流程分析结果提供个性化分析服务，直至文章产出。为了促进甲方文章尽快产出，数据提交**个月内，乙方提供免费的项目咨询服务，超过此期限，将酌情收费。对于分析全部或部分完成后，由于甲方原因需要重复流程分析并由此带来的个性分析，乙方将重新收费。这些情形包括： *）甲方样本分析单填写错误导致重复分析； *）甲方变更参考基因组重复分析； *）在项目结果无异常的情况下，甲方要求选用不同的分析流程重复分析； *）甲方同一项目的样本设立不同的样本组合进行重复分析； *）加入本项目外的数据进行重复分析； *）其它需要重复进入流程分析并由此带来的个性分析； *、成果交付 乙方在项目完成之后向甲方邮箱发送结题报告并视为送达；甲方在收到结题报告后**天内，如无反馈视为对本项目交付结果满意（甲方邮箱以合同甲方指定邮箱为准，甲方反馈邮箱以乙方发送结题报告的邮箱为准)。测序过程中产生的序列文件*.fq和相关生物信息分析结果文件，可通过网络传输或甲方自行提供U盘或移动硬盘传输。如果需要乙方提供U盘或移动硬盘传输数据，则甲方需支付U盘或移动硬盘费用。 乙方确保提交符合合同约定（见第一条第*点)的数据量给甲方。考虑到生物学实验的不确定性，即在各样本总数据量达标的情况下，每个样本数据量不低于目标数据量的**%，平均Q**≥**%，平均Q**≥**%。若为微生物、甲基化建库和**X单细胞测序，则Q**和Q**会在上述基础上下降*%~**%。如果实际测序产生的数据量超出合同约定的数据量，乙方将所有下机数据全部提交给甲方，乙方提交给甲方的信息分析结果将基于所有提交给甲方的数据。 双方确定，按以下标准及方法对乙方完成的研究开发成果进行验收：对于提供的基因组测序深度，测序数据质量，数据分析结果全部达到合同规定标准，并得到甲方确认。